SPInDel workbench para Windows

Name: SPInDel workbench
Rating: 4 (1 reviews)
Author: GEPO

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Descripción del desarrollador

By GEPO

Adquirir un método para la identificación de especies en todos los dominios de la vida utilizando análisis multiplex.

El SPInDel es un enfoque alternativo para la identificación biológica basado en la longitud de las regiones del gen del ARN ribosómico (rRNA). En general, los alineamientos de las secuencias del gen rRNA primario de diferentes especies muestran regiones alternas de conservación y variación de nucleótidos, tanto en términos de sustituciones de nucleótidos (comúnmente llamadas "SNPs") como de eventos de inserción/borrado (indel). La presencia de indels resulta en secuencias de diferentes longitudes e introduce huecos en el alineamiento, que típicamente se denotan con un guion "-".Nuestro concepto para la identificación biológica utiliza secuencias del gen rRNA de la siguiente manera: las regiones conservadas se utilizan para definir segmentos variables ("regiones hipervariables SPInDel") en los que una combinación de longitudes de secuencia es característica de cada especie (un "perfil SPInDel"). Así, cada especie puede definirse por un perfil numérico único.En teoría, una encuesta de solo 6 regiones hipervariables con 20 alelos cada una (o 11 regiones con 5 alelos cada una) es suficiente para discriminar todas las especies eucariotas en la Tierra, que se estima que son entre 5 y 15 millones en número. En la práctica, SPInDel es capaz de discriminar el 93.3% de las especies eucariotas con baja variación intraespecífica y alta resolución filogenética.