Arlequin proporciona al usuario promedio en genética de poblaciones un conjunto bastante amplio de métodos básicos y pruebas estadísticas, con el fin de extraer información sobre las características genéticas y demográficas de una colección de muestras de población. La interfaz gráfica está diseñada para permitir a los usuarios seleccionar rápidamente los diferentes análisis que desean realizar en sus datos. Consideramos importante poder explorar los datos, analizar varias veces el mismo conjunto de datos desde diferentes perspectivas, con diferentes opciones seleccionadas. Las pruebas estadísticas implementadas en Arlequin han sido elegidas para minimizar suposiciones ocultas y ser lo más potentes posible. Así, a menudo toman la forma de pruebas de permutación o pruebas exactas, con algunas excepciones. Debido a que Arlequin tiene un conjunto rico de características y muchas opciones, significa que el usuario debe dedicar algo de tiempo a aprenderlas.