RAPTOR para Windows

Name: RAPTOR
Rating: 4 (1 reviews)
Author: Bioinformatics Solutions

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Descripción del desarrollador

By Bioinformatics Solutions

Producir modelos computacionales precisos de proteínas basados en el threading de proteínas.

RAPTOR es un software innovador diseñado para la predicción precisa de la estructura de proteínas. Combina herramientas de análisis avanzadas en una solución de software integrada y proporciona tres métodos de threading diferentes. El enfoque único de optimización de programación entera de RAPTOR es el más efectivo para encontrar plantillas de estructura de objetivos con baja homología de secuencia y es capaz de generar modelos de alta calidad. La interfaz fácil de usar y los valores E fáciles de entender son ideales tanto para principiantes como para expertos. Sobre todo, la visualización intuitiva de la salida permite a los usuarios comprender los resultados de un vistazo. Dada una secuencia de proteína objetivo, si hay una proteína homóloga con estructura 3D conocida, se puede encontrar utilizando herramientas de búsqueda de secuencias como PSI-BLAST, que también se proporciona en RAPTOR. La estructura del objetivo se construye a partir de la estructura conocida; sin embargo, cuando la homología de secuencia no es significativa, es decir, menos del 25%, PSI-BLAST no puede ofrecer un resultado confiable. A diferencia de PSI-BLAST, que simplemente realiza una búsqueda de secuencias, el threading de proteínas y el reconocimiento de pliegues utilizan tanto la homología como la información estructural. Escanea la secuencia de proteína con una estructura desconocida contra una base de datos de estructuras conocidas. Al utilizar una función de puntuación y realizar un análisis de compatibilidad entre estructuras tridimensionales y secuencias de proteínas lineales, se identificará la mejor plantilla estructural a partir de la cual construir la estructura de la secuencia. Como resultado, el threading de proteínas ofrece una predicción superior en comparación con el modelado por homología cuando hay una homología de secuencia marginal.