Avogadro es un constructor y editor de moléculas fácil de usar. Ofrece renderizado flexible y una potente arquitectura de plugins para desarrolladores. El programa admite la construcción interactiva de moléculas con mecánica molecular integrada y una base de datos de fragmentos. Se proporciona generación de entradas para cálculos de GAMESS o Gaussian. Para la visualización, el programa admite celdas unitarias cristalográficas, isosurfaces y orbitales de cubos de Gaussian y OpenDX.