ZOOM Lite para Windows

Name: ZOOM Lite
Rating: 4 (1 reviews)
Author: Bioinformatics Solutions

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Descripción del desarrollador

By Bioinformatics Solutions

Mapear millones de lecturas cortas, decodificar lecturas en espacio de color, visualizar resultados de mapeo.

ZOOM Lite es un software de mapeo y visualización de datos de secuenciación de próxima generación. Los usuarios introducen genomas de referencia y archivos de lecturas cortas Illumina/Solexa o archivos de lecturas en espacio de color AB SOLiD en varios formatos, como *.fasta, *.fastq, *_seq.txt, *.csfasta, etc. ZOOM genera los resultados de mapeo de estas lecturas cortas en la secuencia de referencia. ZOOM Lite tiene un núcleo de mapeo rápido y preciso basado en una teoría de semillas espaciadas múltiples recién diseñada. Se pueden manejar lecturas de extremo único y de extremo emparejado de varias longitudes, desde 15bp hasta 240bp. Se permiten cualquier número de desajustes y una inserción/borrado de varias longitudes entre la lectura y su región objetivo en la secuencia de referencia. Se informarán los resultados mapeados de forma única o los mejores (top N) resultados para cada lectura de acuerdo con los mínimos desajustes y la longitud del indel. Se utilizan puntuaciones de calidad para mejorar la precisión del mapeo. Basado en el núcleo de mapeo, ZOOM Lite permite a los usuarios cargar datos de lectura locales y datos de secuencia de referencia, seleccionar parámetros adecuados, procesar grandes volúmenes de datos en paralelo entre hasta cuatro CPUs, monitorear las tareas en ejecución, almacenar los resultados de mapeo, ver los gráficos de los resultados de mapeo y exportar los resultados de mapeo en formatos de archivo *.BED o *.GFF para una mayor investigación con la información de la pista del navegador UCSC. Los resultados de mapeo se pueden ver en cualquier escala deseada, desde el gráfico de profundidad de lectura sobre un cromosoma entero hasta alineaciones de secuencia detalladas entre lecturas y la secuencia de referencia. Los usuarios navegan fácilmente a regiones de interés simplemente haciendo clic y arrastrando o desplazándose. ZOOM Lite es un derivado del software ZOOM Studio.