Swiss-PdbViewer para Mac

Swiss-PdbViewer (también conocido como DeepView) es una aplicación que proporciona una interfaz fácil de usar que permite analizar varias proteínas al mismo tiempo. Las proteínas pueden superponerse para deducir alineaciones estructurales y comparar sus sitios activos u otras partes relevantes. Las mutaciones de aminoácidos, los enlaces H, los ángulos y las distancias entre átomos son fáciles de obtener gracias a la intuitiva interfaz gráfica y de menú.

Swiss-PdbViewer (también conocido como DeepView) ha sido desarrollado desde 1994 por Nicolas Guex. Swiss-PdbViewer está estrechamente vinculado a SWISS-MODEL, un servidor automatizado de modelado por homología desarrollado dentro del Instituto Suizo de Bioinformática (SIB) en el Grupo de Bioinformática Estructural en el Biozentrum de Basilea.

Trabajar con estos dos programas reduce en gran medida la cantidad de trabajo necesaria para generar modelos, ya que es posible enhebrar una secuencia primaria de proteína en una plantilla 3D y obtener una retroalimentación inmediata sobre qué tan bien será aceptada la proteína enhebrada por la estructura de referencia antes de enviar una solicitud para construir bucles faltantes y refinar el empaquetamiento de cadenas laterales.

Swiss-PdbViewer también puede leer mapas de densidad electrónica y proporciona varias herramientas para construir en la densidad. Además, se integran diversas herramientas de modelado y se pueden generar archivos de comandos para paquetes populares de minimización de energía.

Finalmente, como un bono especial, se pueden generar escenas de POV-Ray desde la vista actual para crear impresionantes imágenes de calidad trazadas por rayos.