En Blob Wars: Metal Blob Solid, asumes el papel de un intrépido agente Blob, Bob. La misión de Bob es infiltrarse en las diversas bases enemigas alrededor del mundo natal de los Blobs y rescatar a tantos MIAs como sea posible. Pero en su camino se encuentran muchos alienígenas viciosos, otros Blobs que han sido asimilados y el malvado líder alienígena, Galdov.