El propósito principal de AmplifX es buscar en una colección de cebadores, como los que cualquier biólogo molecular tiene en sus refrigeradores, aquellos que se pueden utilizar para amplificar un fragmento en una secuencia objetivo, por ejemplo, y particularmente, diseñar estrategias para seleccionar clones recombinantes mediante PCR. Se asocian algunas informaciones con cada cebador, algunas calculadas automáticamente por AmplifX (como TM, Calidad, longitud) y otras proporcionadas por el usuario (nombre, comentarios,...). Esto permite aspectos generales de la gestión de cebadores (secuencias y tubos reales). AmplifX también puede diseñar nuevos cebadores.