QuasiRecomb para Windows

Name: QuasiRecomb
Rating: 4 (1 reviews)
Author: Armin Topfer

Por Armin Topfer
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Descripción del desarrollador

By Armin Topfer

Generar y analizar quasispecies virales sometidas a recombinación.

QuasiRecomb es una aplicación ligera que se ejecuta en la consola de comandos, simulando un modelo de Markov para generar quasispecies virales. Describe la generación de las quasispecies virales y un método para inferir sus parámetros mediante el análisis de datos de secuenciación de próxima generación. El modelo se valida con datos simulados, mostrando la ventaja de tener en cuenta explícitamente el proceso de recombinación, y se prueba aplicándolo a lecturas obtenidas de muestras experimentales de VIH. Ofrece una implementación del algoritmo EM para encontrar estimaciones máximas a posteriori de los parámetros del modelo y un método para estimar la distribución de cepas virales en la quasispecies.