Expression2Kinases para Windows

Name: Expression2Kinases
Rating: 4 (1 reviews)
Author: Mount Sinai School of Medicine Ma'ayan

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Descripción del desarrollador

By Mount Sinai School of Medicine Ma'ayan

Identificar reguladores ascendentes que probablemente sean responsables de los cambios observados en la expresión génica a nivel del genoma.

El perfilado de mRNA a nivel del genoma proporciona una instantánea del estado global de las células bajo diferentes condiciones. Sin embargo, los niveles de mRNA no ofrecen una comprensión directa de los mecanismos regulatorios ascendentes. Expression2Kinases (X2K) es un nuevo enfoque para identificar reguladores ascendentes que probablemente son responsables de los cambios observados en la expresión génica a nivel del genoma. Al integrar datos de ChIP-seq/chip y matrices de ponderación de posición (PWMs), interacciones proteína-proteína y reacciones de fosforilación de sustratos por quinasas, X2K puede utilizarse para identificar mecanismos regulatorios ascendentes de las diferencias en la expresión génica a nivel del genoma. La idea es inferir primero los factores de transcripción más probables que regulan las diferencias en la expresión génica, luego utilizar interacciones proteína-proteína para conectar los factores de transcripción identificados utilizando proteínas adicionales para construir subredes regulatorias transcripcionales centradas en estos factores, y finalmente utilizar reacciones de fosforilación de proteínas por quinasas-sustratos para identificar y clasificar las quinasas candidatas que probablemente regulen la formación de los complejos transcripcionales identificados. X2K también contiene herramientas para realizar análisis de enriquecimiento de listas de genes y predecir fármacos que pueden revertir o agravar cambios en la expresión génica. El enfoque X2K puede avanzar en nuestra comprensión de la señalización celular y desentrañar los mecanismos de acción de los fármacos.