Arabidopsis Motif Scanner para Windows

Name: Arabidopsis Motif Scanner
Rating: 4 (1 reviews)
Author: IBBA-CNR

Por IBBA-CNR
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Descripción del desarrollador

By IBBA-CNR

Desentrañar las relaciones y funciones de los genes.

Arabidopsis Motif Scanner (AMS) es una aplicación de Windows que se ejecuta en computadoras locales. Fue desarrollada para construir redes de genes al identificar las posiciones de los elementos cis-regulatorios en la planta modelo Arabidopsis thaliana y al proporcionar una interfaz fácil para evaluar y valorar las relaciones genéticas. Su principal característica innovadora es combinar las posiciones de los elementos cis-regulatorios, datos de expresión de NGS y DNA Chip Arrays, anotaciones de Arabidopsis e interacciones genéticas para la identificación de redes de genes reguladas por factores de transcripción. En estudios centrados en la función de los factores de transcripción, el software utiliza los datos de expresión y los motivos de sitios de unión en las regiones reguladoras de los genes para predecir genes objetivo directos. Además, AMS utiliza datos de interacción ADN-proteína y proteína-proteína para facilitar la identificación de las vías metabólicas reguladas por el factor de transcripción de interés.